Molenbeek is een jihadistische hoofdstad voor sommigen, maar ook de geboorteplaats van Amine en Aatos, twee zesjarige jongens. Daar luisteren ze naar de spinnen, ontdekken zwarte gaten en discussiëren over wie het vliegend tapijt mag besturen dat hen naar het land van hun voorouders zal brengen. Amines familie komt uit Marokko en zijn god is Allah. Aatos is net als zijn Fins-Spaanse familie atheïstisch. De jongens ontdekken een verschil in hun opvoeding: voor de ene is Jezus de zoon van God is, voor de andere gewoon een profeet. Ze luisteren naar elkaar zonder oordeel. Dan verstoren de terroristische aanslagen in Brussel en Zaventem hun harmonieuze wereld. Gewapende soldaten patrouilleren door de straten, kaarsen worden aangestoken ter nagedachtenis. Zelfs in de verhaaltjes voor het slapengaan vallen er slachtoffers. De twee jongens zoeken naar de betekenis van dit alles. Ze fantaseren dat ze de laatste overlevenden zijn, de sterksten van allemaal.
‘Goden van Molenbeek’ is een film over vriendschap, geloof en identiteit.